Le prime tracce di insediamenti abitativi si fanno risalire ai primi decenni del XVII sec. quando, Michele Vaaz de Andrara, conte di Mola e barone di Canosa, creò attorno ad una "masseria" preesistente, un piccolo villaggio che popolò con 90 famiglie di emigrati dalla Schiavonia (penisola balcanica).
Per tale ragione, ancora fino a qualche decennio fa, San Michele Salentino era detto "Massarianova".
Alla morte di Michele (1623), i suoi possedimenti passarono alla figlia Fiorenza che sposò il cugino Emanuele Vaaz deAndrara; questi ereditò il titolo di Conte di Mola e Duca di Casamassima. Il feudo passò nelle mani di suo figlio Michele e, alla sua morte (1696)  al primogenito Francesco che non lasciò eredi.
La proprietà della Massarianova tornò, quindi, alla Regia Corte che la rivendette subito ad Annibale Sisto y Britto, duca del contiguo paese di Ceglie Messapica, fino alla soppressione della feudalità, ad opera di Giuseppe Bonaparte nell'agosto 1806.
Nei decenni successivi, parve più razionale aggregare il piccolo insediamento al comune di San Vito degli Schiavoni (attualmente San Vito dei Normanni), verso il quale i collegamenti erano più agevoli rispetto a quelli per Ceglie Messapica.
Da quel momento il territorio passò sotto il dominio dei Principi Dentice di Frasso che iniziarono ad incrementare gli insediamenti intorno alla Masserianova ed alla Masseria Ajeni, attuale borgo antico a circa 1 km dal centro urbano.
L'iniziativa vera e propria che portò alla fondazione dell'originario nucleo abitativo come frazione di San Vito dei Normanni si deve al principe di S. Giacomo Francesco Dentice, figlio di Gerardo, il quale concesse i suoi terreni in enfiteusi a contadini provenienti dai vicini paesi: Ceglie Messapica, Ostuni e, in misura minore, Carovigno e Latiano.
Ai contadini furono assegnati terreni, abitazioni ed edifici rustici, concessi con atto notarile in data 4 e 15 agosto 1839: questi documenti, rogati nella masseria, possono essere considerati quasi degli atti costitutivi del paese stesso. Il villaggio, dopo poco più di trent'anni, si vide riconosciuto dalla Amministrazione di San Vito il diritto ad avere un proprio cimitero ed una chiesa autonoma, costruita grazie alle donazioni del nipote di Francese Dentice ed al contributo degli abitanti. La chiesa fu inaugurata nel 1882 con grandi  festeggiamenti.
Ottenuta l'autonomia parrocchiale nel 1901 , la località che continuava a crescere notevolemente nel numero di abitanti, pretese a più riprese anche condizioni di vita migliori, tanto che nel 1912 gli ormai numerosi abitanti, nel desiderio di slegarsi dal centro  amministrativo di San Vito, diedero vita a pubbliche dimostrazioni presto degenerate in tumulto per ottenere l'autonomia. Le ragioni di San Michele vennero parzialmente prese in considerazione e l'anno successivo il Consiglio Comunale di San Vito, debitamente aumentato di numero, delegò una parte dei suoi componenti ad occuparsi delle necessità degli abitanti della 'Massarianova'. Questo stato di cose durò poco meno di quindici anni, fino all'elevazione a comune di San Michele Salentino, stabilita con Regio Decreto emesso il 2 ottobre del 1928 da Vittorio Emanuele III.